Тематический сетевой электронный научный журнал СКФНЦСВВ

Плодоводство
и виноградарство Юга России



Корнильев Гурий Викторович

Федеральное Государственное бюджетное учреждение науки "Всероссийский национальный научно-исследовательский институт виноградарства и виноделия "Магарач" РАН»

кандидат биологических наук

Статьи в журнале (всего: 2)


pdf
614 Кб
12 с.
Генетические ресурсы, сортоизучение, селекция
Дата публикации: 01.08.2023
УДК: 634.836
DOI: 10.30679/2219-5335-2023-4-82-57-68
Ключевые слова: АМПЕЛОГРАФИЧЕСКАЯ КОЛЛЕКЦИЯ, ИДЕНТИФИКАЦИЯ СОРТОВ, SSR-МАРКЕРЫ, ДНК-ПРОФИЛЬ, АЛЛЕЛИ, ИНФОРМАЦИОННАЯ БАЗА

Реферат

В статье представлены результаты генотипирования 16 образцов винограда с неопределенным статусом с Ампелографической коллекции «Магарач» по 9 ядерным микросателлитным маркерам (ssrVVMD5, ssrVVMD7, ssrVVMD25, ssrVVMD27, ssrVVMD28, ssrVVMD32, ssrVrZAG62, ssrVrZAG79, ssrVVS2). Экстрагирование геномной ДНК с помощью ЦТАБ-буфера проводили из усреднённой пробы молодых листьев или зелёной камбиальной ткани побегов. Чистоту и количество ДНК оценивали спектрофотометрирически на приборе «Biophotometer plus». Полимеразная цепная реакция выполнена на амплификаторе «T100 Thermal Cycler» (BioRad). В составе ПЦР-смеси использовали реакционную смесь 2.5х и праймеры с флуоресцентными метками FAM, TAMRA, R6G производства компании «ООО Синтол». Праймеры были объединены в мультиплексы в соответствии с размерами получаемых ампликонов и температурой отжига. Фрагментный анализ ПЦР-продуктов выполнен на генетическом анализаторе ABI Prism 3130 с использованием программного обеспечения Gene Mapper. Идентификацию сортов проводили путём сравнительного анализа полученных микросателлитных профилей с базой данных Vitis International Variety Catalogue (VIVC). По результатам генотипирования образцы с неопределённым статусом идентифицированы как сорта: Асыл кара, Васарга чёрная, Галбена де Одобешты, Генуса цибил, Грек руж, Кручулита, Мараш червен, Мускат венгерский, Мускат гамбургский, Мцване кахетинский, Негру выртос, Озировка, Плавай, Ркацители, Саперави, Цоликоури. Выявленные отличия полученных ДНК-профилей от данных базы VIVC по 1-2 аллелям, предположительно, можно объяснить популяционной изменчивость, а в некоторых случаях соматическими мутациями. Данное исследование демонстрирует результат молекулярно-генетического подхода для идентификации сортов винограда.

Ссылка на статью
Корнильев Г. В., Рисованная В. И., Полулях А. А., Чижова А. М., Рязанкина Я. Ю. ИДЕНТИФИКАЦИЯ СОРТОВ ВИНОГРАДА АМПЕЛОГРАФИЧЕСКОЙ КОЛЛЕКЦИИ «МАГАРАЧ» С ИСПОЛЬЗОВАНИЕМ МИКРОСАТЕЛЛИТНЫХ МАРКЕРОВ [Электронный ресурс] // Плодоводство и виноградарство Юга России. 2023. № 82(4). С. 57–68. URL: http://journalkubansad.ru/pdf/23/04/06.pdf. DOI: 10.30679/2219-5335-2023-4-82-57-68 (дата обращения: 29.04.2024).
pdf
297 Кб
16 с.
Генетические ресурсы, сортоизучение, селекция
Дата публикации: 05.12.2023
УДК: 634.836
DOI: 10.30679/2219-5335-2023-6-84-62-77
Ключевые слова: АМПЕЛОГРАФИЧЕСКАЯ КОЛЛЕКЦИЯ «МАГАРАЧ», МИКРОСАТЕЛЛИТНЫЕ ЛОКУСЫ, NSSR-МАРКЕРЫ, CPSSR-МАРКЕРЫ, ГЕНОТИПИРОВАНИЕ, ДНК-ПРОФИЛЬ, ПОЛИМОРФИЗМ АЛЛЕЛЕЙ, ХЛОРОТИПЫ.

Реферат

В работе представлены результаты ДНК-профилирования 28 образцов винограда с неидентифицированной сортовой принадлежностью, собранные на ампелографической коллекции «Магарач» и приведена оценка полиморфизма их микросателлитных локусов. Генотипирование проводили по 9 ядерным (VVMD5, VVMD7, VVMD25, VVMD27, VVMD28, VVMD32, VrZAG62, VrZAG79, VVS2) и 3 хлоропластным (ccmp3, ccmp5, ccmp10) SSR-маркерам. По ядерным локусам выявлено 105 аллелей, среднее число аллелей на локус (na) составило 11,7; среднее значение эффективного числа аллелей (ne) – 7,23; информационный индекс Шеннона (I) для исследуемой выборки образцов – 2.13. Отмечена наибольшая частота встречаемости у образцов с аллелями VVS2133 и VVS2135 (p = 0.250), VVMD5238 (p = 0.232), VVMD7247 (p = 0.232), VVMD25239 (p = 0.250), VVMD27180 (p = 0.232), VVMD28236 (p = 0.143), VVMD32272 (p = 0.304), VrZAG62188 (p = 0.179), VrZAG79251 (p = 0.232). Среднее значение фактической гетерозиготности Heto составило 0.8333, ожидаемой гетерозиготности Hetе – 0.8712. По хлоропластным локусам выявлено 7 аллелей: ccmp3106, ccmp3107, ccmp5104, ccmp5105, ccmp10114, ccmp10115, ccmp10116. Идентифицированы 4 хлоротипа: A (1 образец), B (9), C (13), D (5). По методу UPGMA построена дендрограмма генетического сходства, которая показала наличие трёх кластеров, содержащих, соответственно, 11, 11 и 6 образцов. Отмечено равномерное распределение хлоротипов B и D по трём кластерам, хлоротипа С – по двум кластерам. Сделан вывод о возможности использования полученных для оценки генетического разнообразия ампелографической коллекции «Магарач».

Ссылка на статью
Корнильев Г. В. ИЗУЧЕНИЕ ПОЛИМОРФИЗМА МИКРОСАТЕЛЛИТНЫХ ЛОКУСОВ ОБРАЗЦОВ ВИНОГРАДА С НЕИДЕНТИФИЦИРОВАННОЙ СОРТОВОЙ ПРИНАДЛЕЖНОСТЬЮ АМПЕЛОГРАФИЧЕСКОЙ КОЛЛЕКЦИИ «МАГАРАЧ» С ИСПОЛЬЗОВАНИЕМ МОЛЕКУЛЯРНЫХ МАРКЕРОВ [Электронный ресурс] // Плодоводство и виноградарство Юга России. 2023. № 84(6). С. 62–77. URL: http://journalkubansad.ru/pdf/23/06/05.pdf. DOI: 10.30679/2219-5335-2023-6-84-62-77 (дата обращения: 29.04.2024).