Тематический сетевой электронный научный журнал СКФНЦСВВ

Плодоводство
и виноградарство Юга России



Ильницкая Елена Тарасовна

Федеральное государственное бюджетное научное учреждение «Северо-Кавказский федеральный научный центр садоводства, виноградарства, виноделия»
лаборатория сортоизучения и селекции винограда
зав. лабораторией

кандидат биологических наук

Статьи в журнале (всего: 35)


pdf
567 Кб
10 с.
Генетические ресурсы, сортоизучение, селекция
Дата публикации: 18.11.2019
УДК: 634.8: 632.4: 575.174.015.3
DOI: 10.30679/2219-5335-2019-6-60-41-50
Ключевые слова: ВИНОГРАД, МИЛДЬЮ, PLASMOPARA VITICOLA, ДНК-МАРКЕРЫ PLASMOPARA

Реферат

Оомицет Plasmopara viticola вызывает одно из наиболее вредоносных заболеваний винограда – милдью. В районах влажного климата Черноморского побережья Северного Кавказа патоген причиняет особый ущерб. В виде эпифитотии UDC Plasmopara viticola развивается 6-7 раз за 10 лет и может вызывать потери от 50 до 100 % урожая текущего года, несмотря на наличие большого числа фунгицидов, способных сдерживать вредоносность этого заболевания. Цель работы – апробация микросателлитных ДНК маркеров GOB, CES, ISA и BER для изучения разнообразия популяций P. viticola, паразитирующих на виноградниках Краснодарского края. Материалом для исследования служили виноградные листья различных сортов, поражённые милдью. Листья отобраны в мае-июле 2019 г. в различных точках Краснодарского края. ДНК P. viticola выделяли из поражённой ткани виноградных листьев набором «ЦитоСорб», разработанным компанией «Синтол» специально для диагностики фитопатогенов. Всего экстрагировано 8 образцов ДНК P. viticola. Исследование выполнено методом полимеразной цепной реакции с оптимизацией количества и длительности циклов, а также концентрации реагентов. Размер амплифицированных фрагментов локусов GOB, CES, ISA и BER оценивали с помощью автоматического генетического анализатора ABI Prism 3130 методом фрагментного анализа. Обработку данных осуществляли в программе Gene Mapper 4.1. Наибольший полиморфизм выявлен по маркеру GOB (15 типов аллелей в восьми исследуемых образцах). Маркеры GOB, CES, ISA и BER могут быть использованы для изучения популяций P. viticola, распространённых на виноградниках Краснодарского края.

Ссылка на статью
Макаркина М. В., Ильницкая Е. Т., Токмаков С. В., Лободина Е. В. АПРОБАЦИЯ ДНК-МАРКЕРОВ ДЛЯ ИЗУЧЕНИЯ РАЗНООБРАЗИЯ ПАТОГЕНА PLASMOPARA VITICOLA [Электронный ресурс] // Плодоводство и виноградарство Юга России. 2019. № 60(6). С. 41–50. URL: http://journalkubansad.ru/pdf/19/06/05.pdf. DOI: 10.30679/2219-5335-2019-6-60-41-50 (дата обращения: 21.10.2021).
pdf
143 Кб
8 с.
Генетические ресурсы, сортоизучение, селекция
Дата публикации: 19.01.2015
УДК: 575:577.2:576.3
Ключевые слова: ГЕНОТИПЫ VITIS VINIFERA, АБОРИГЕННЫЕ СОРТА ВИНОГРАДА, ПОЛИМОРФИЗМ SSR-ЛОКУСОВ.

Реферат

Изучение и сохранение генетического разнообразия представляет собой одну из наиболее важных научных проблем в генетике культурных растений. Аборигенные, стародавние сорта различных регионов возделывания винограда – ценная часть мирового генофонда этой культуры. При изучении генофонда винограда в настоящее время традиционные ампелографические описания дополняются молекулярно-генетическими данными. В наших исследованиях проведено генотипирование 14 автохтонных сортов винограда Дагестана: Асыл Кара, Баят капы, Гимра, Гуляби дагестанский, Джунга, Дубут, Мола гусейн цибил, Риш баба, Сарах, Тавлинский поздний, Хатал баар, Хоп халат, Хоца цибил, Шавраны. Получены ДНК-фигерпринты по микросателлитным локусам VVMD5, VVMD7, VVMD27, VVS2, VrZAG62 и VrZAG79. Указанные SSR-маркеры рекомендованы союзом генетиков винограда в качестве основных для генотипирования Vitis vinifera. Молекулярно-генетический анализ выполнен на автоматическом генетическом анализаторе, позволяющем получать данные, соответствующие современным мировым требованиям идентификации генотипов винограда. В работе было апробировано использование мультиплексной (полимеразной цепной реакции (ПЦР). Мультиплексные наборы позволяют оптимизировать время, затрачиваемое на ДНК-анализ и значительно снизить стоимость его проведения. Наибольший полиморфизм при изучении данной группы дагестанских сортов выявлен по локусу VVMD27: идентифицировано 9 аллелей на локус; наименьший полиморфизм отмечен по локусу VrZAG62: 5 аллелей/локус. Определены сорта винограда с редкими аллелями по изученным локусам в исследуемой выборке данной группы сортов. Показана информативность набора микросателлитных маркеров VVMD5, VVMD7, VVMD27, VVS2, VrZAG62 и VrZAG79 для фингерпринтинга проанализированной выборки сортов винограда.

Ссылка на статью
Ильницкая Е. Т., Токмаков С. В., Супрун И. И., Макаркина М. В. ФИНГЕРПРИНТИНГ АБОРИГЕННЫХ ДАГЕСТАНСКИХ СОРТОВ ВИНОГРАДА ПО ДАННЫМ МИКРОСАТЕЛЛИТНОГО АНАЛИЗА [Электронный ресурс] // Плодоводство и виноградарство Юга России. 2015. № 31(1). С. 22–29. URL: http://journalkubansad.ru/pdf/15/01/02.pdf. (дата обращения: 21.10.2021).
pdf
631 Кб
11 с.
Фитосанитарное состояние растений
Дата публикации: 20.01.2021
УДК: 634.8: 632.4: 575.174.015.3
DOI: 10.30679/2219-5335-2021-1-67-294-304
Ключевые слова: ВИНОГРАД, МИЛДЬЮ, PLASMOPARA VITICOLA, ГЕНЕРАЦИИ ПАТОГЕНА, ГЕНЕТИЧЕСКОЕ РАЗНООБРАЗИЕ, ДНК-МАРКЕРЫ

Реферат

Милдью – заболевание виноградной лозы, вызываемое облигатным гетероталличным биотрофным эндопаразитом Plasmopara viticola. Ареалом распространения данного патогена являются виноградники всего мира, но наибольшие потери несут зоны виноградарства с умеренноконтинентальным и субтропическим климатом. В Краснодарском крае эпифитотийное развитее милдью бывает 6-7 раз за 10 лет. Первые молекулярногенетические исследования патогена были начаты ещё в конце ХХ века. Цель данной работы – оценить на основе ДНК-маркерного анализа полиморфизм популяции P. viticola в двух генерациях патогена на виноградных растениях, произрастающих в изолированной географической точке. Материалом для исследования послужили пораженные листья винограда, собранные на вегетационной площадке ФГБНУ СКФНЦСВВ с растений, не подвергавшихся химическим обработкам. Сбор материала осуществляли в двух временных интервалах – конец июля (первая генерация патогена – 4 образца) и середина августа (вторая генерация – 6 образцов). Для изучения разнообразия использовали высокополиморфные SSR-маркеры – GOB и PV144. ДНК P. viticola выделяли непосредственно из инфицированных листьев ЦТАБ-методом. Всего было проанализировано 10 образцов ДНК патогена. Исследование выполнено классическим методом полимеразной цепной реакции. Размер целевых фрагментов локусов PV144 и GOB оценивали при помощи автоматического генетического анализатора ABI Prism 3130 методом фрагментного анализа. Полученные данные анализировали в программе Gene Mapper 4.1. Наибольшая степень полиморфизма была обнаружена по маркеру GOB – 7 типов аллелей, в меньшей степени PV144 – 4 типа аллелей. Было установлено, что образцы популяция патогена, собранные в период первой генерации, обладают значительно большим генетическим полиморфизмом в отличие от образцов, собранных в период второй генерации. Исследования в данном направлении продолжаются.

Ссылка на статью
Кожевников Е. А., Макаркина М. В., Ильницкая Е. Т. ИЗУЧЕНИЕ ПОЛИМОРФИЗМА ПОПУЛЯЦИИ PLASMOPARA VITICOLA В РАЗНЫЕ ГЕНЕРАЦИИ ПАТОГЕНА [Электронный ресурс] // Плодоводство и виноградарство Юга России. 2021. № 67(1). С. 294–304. URL: http://journalkubansad.ru/pdf/21/01/20.pdf. DOI: 10.30679/2219-5335-2021-1-67-294-304 (дата обращения: 21.10.2021).
pdf
633 Кб
11 с.
Фитосанитарное состояние растений
Дата публикации: 20.01.2021
УДК: 63: 632.3.01/.08
DOI: 10.30679/2219-5335-2021-1-67-283-293
Ключевые слова: ВИНОГРАД, ФИТОПЛАЗМА, ПЦР В РЕАЛЬНОМ ВРЕМЕНИ, ДИАГНОСТИКА, ЦТАБ

Реферат

Одним из лимитирующих факторов стабильно высоких урожаев с хорошим качеством являются различные болезни культуры. Например, заболевания, вызванные фитоплазмами, могут оказывать серьезное негативное влияние на количество получаемого урожая и его качество, что в дальнейшем может сказаться на качестве винной продукции и получаемой прибыли. Фитоплазмы являются одними из наиболее опасных фитопатогенов. На винограде они представлены двумя видами – Candidatus Phytoplasma vitis Flavescence dorée (вызывает золотистое пожелтение винограда) и Candidatus Phytoplasma solani Bois noir (почернение коры). Многие болезни растений, которые, как считается, вызываются фитоплазмами, были описаны до того, как с помощью молекулярногенетических исследований были определены различные группы фитоплазм, вызывающие эти болезни. Теперь можно оценить взаимосвязь между классификацией фитоплазм и конкретными болезнями растений. Золотистое пожелтение листьев является карантинным для РФ и Евросоюза заболеванием и наносит большой урон виноградникам, поэтому быстрая и точная идентификация этого заболевания очень важна. Основным методом идентификации фитоплазм является ПЦР в реальном времени (RT-PCR) со специфическими праймерными системами. Целью нашего исследования было сравнить методы выделения ДНК из растительной ткани, пораженной фитоплазмой, для дальнейшей постановки ПЦР в реальном времени. Данное исследование показало, что образцы, выделенные с помощью коммерческих наборов «АгроДиагностика» и «ЦитоСорб», показывают схожие результаты, в то время как образец, выделенный лабораторным методом на основе использования ЦТАБбуфера, показал более высокие и ранние пики на графике, что имеет значение при детекции малого количества патогена в исследуемом материале и доказывает большую эффективность данного способа выделения.

Ссылка на статью
Котляр В. К., Макаркина М. В., Степанов И. В., Ильницкая Е. Т. ПОДБОР ОПТИМАЛЬНОЙ МЕТОДИКИ ВЫДЕЛЕНИЯ ДНК ВОЗБУДИТЕЛЯ ЗОЛОТИСТОГО ПОЖЕЛТЕНИЯ ВИНОГРАДА И ПОЧЕРНЕНИЯ КОРЫ ДЛЯ ВЫЯВЛЕНИЯ ПАТОГЕНА МЕТОДОМ ПЦР В РЕАЛЬНОМ ВРЕМЕНИ [Электронный ресурс] // Плодоводство и виноградарство Юга России. 2021. № 67(1). С. 283–293. URL: http://journalkubansad.ru/pdf/21/01/19.pdf. DOI: 10.30679/2219-5335-2021-1-67-283-293 (дата обращения: 21.10.2021).
pdf
613 Кб
11 с.
Генетические ресурсы, сортоизучение, селекция
Дата публикации: 20.01.2021
УДК: 575.11: 634.84
DOI: 10.30679/2219-5335-2021-1-67-91-101
Ключевые слова: ВИНОГРАД, ГЕНОТИП, СОРТА-СИНОНИМЫ, АБОРИГЕННЫЕ СОРТА, ДНК-ПАСПОРТИЗАЦИЯ

Реферат

Центральная часть Абхазии признана одним из регионов возникновения культурной виноградной лозы. Здесь произрастают как известные сорта, которые создали славу местных вин, так и малоизученные генотипы и дикорастущие формы. Изучение местного генофонда винограда на молекулярно-генетическом уровне даёт возможность более полно оценить генетическое разнообразие сортов и форм, выявить более близкие и отдалённые генотипы. В рамках изучения винограда Абхазии нами проводится ДНК-профилирование аборигенных сортов. Цель данной работы – изучение генотипа сорта Ажьшкуакуа (Ажижкваква). В работе использовали виноградные растения сорта Ажьшкуакуа, произрастающие в коллекции агрофирмы «Вина и воды Абхазии», соответствующие сортовому описанию. Экстракцию ДНК проводили из апикальной части молодых побегов растений методом на основе использования ЦTAБ. Генотипирование проведено с помощью SSR-маркеров, рекомендованных для идентификации сортов винограда: VVS2, VVMD5, VVMD7, VVMD25, VVMD27, VVMD28, VVMD32, VrZAG62, VrZAG79. Амплифицированные продукты ПЦР-реакции оценивали методом капиллярного электрофореза с использованием автоматического генетического анализатора ABI Prism 3130 с последующим определением размеров с помощью программ GeneMapper и PeakScanner, корректируя значения с учётом данных контрольного (референсного) генотипа с известным аллельным составом (Пино нуар). Анализ полученного ДНК-профиля Ажижкваква в международной базе ДНК-паспортов сортов винограда выявил соответствие его профилю сорта Цицка, который считается аборигенным сортом Грузии. Генотипы указанных сортов можно считать синонимами, так как они имеют практически идентичные морфологические признаки. Согласно проанализированным нами литературным и молекулярно-генетическим данным, подтверждающим высокую степень генетического сходства сортов, можно предположить, что эти сорта – клоновые вариации одного генотипа.

Ссылка на статью
Ильницкая Е. Т., Макаркина М. В., Токмаков С. В., Айба В. Ш. ИДЕНТИФИКАЦИЯ ГЕНОТИПА АБОРИГЕННОГО АБХАЗСКОГО СОРТА ВИНОГРАДА АЖЬШКУАКУА (АЖИЖКВАКВА) [Электронный ресурс] // Плодоводство и виноградарство Юга России. 2021. № 67(1). С. 91–101. URL: http://journalkubansad.ru/pdf/21/01/07.pdf. DOI: 10.30679/2219-5335-2021-1-67-91-101 (дата обращения: 21.10.2021).