Тематический сетевой электронный научный журнал СКФНЦСВВ

Плодоводство
и виноградарство Юга России


pdf
452 Кб
10 с.
Генетические ресурсы, сортоизучение, селекция
Дата публикации: 18.11.2019
УДК: 57.052
DOI: 10.30679/2219-5335-2019-6-60-1-10
Ключевые слова: КОЛЬЦЕВЫЕ РНК, ТРАНСКРИПЦИЯ, БЭКСПЛАЙСИНГ, РЕГУЛЯЦИЯ ЭКСПРЕССИИ ГЕНОВ, АБИОТИЧЕСКИЙ СТРЕСС

Реферат

В последнее время в селекции растений активно развивается направление функциональной геномики, что подразумевает под собой изучение регуляции экспрессии генов, лежащих в основе хозяйственно ценных признаков. В недавние годы было показано, что различные РНК, в том числе и микро-РНК, играют важную роль, активируя или ингибируя экспрессию генов роста и развития растений, генов ответа на факторы среды. Совсем недавно было выявлено, что существует новый класс некодирующих молекул РНК – кольцевые РНК размером от 100 до 4 000 нуклеотидов, которые образуются из матричной РНК в результате бэксплайсинга. Кольцевые РНК, обладая регуляторными функциями, взаимодействуют с микроРНК, а также с матричной РНК, влияя на уровень экспрессии генов роста, развития, ответа на абиотические и биотические стрессы. В представленном обзоре проведен анализ последних данных о результатах исследований кольцевых РНК, степени изученности кольцевых РНК, их роли в растениях. Показана также специфичность их образования в зависимости от вида растительной ткани – интронного, экзонного, экзон-интронного происхождения, взаимодействие между кольцевыми РНК, микроРНК и матричной РНК с опосредованным влиянием на работу генов, а также роль в регуляции ответа на абиотические и биотические стрессы. В статье приводятся данные по алгоритму поиска кольцевых РНК растений, биоинформативному методу предсказания, специфическим кольцевым РНК риса, арабидопсиса, чая, томата, огурца, винограда, сои, арахиса, понцируса, а также данные об их регуляторной роли в ответ на стрессовые факторы среды.

Ссылка на статью
Самарина Л. С., Маляровская В. И., Симонян Т. А., Мацькив А. О., Цатурян Г. А., Вэй Ч. . КОЛЬЦЕВЫЕ РНК РАСТЕНИЙ – НОВЫЙ УРОВЕНЬ ПОСТРАНСКРИПЦИОННОЙ РЕГУЛЯЦИИ (МИНИОБЗОР) [Электронный ресурс] // Плодоводство и виноградарство Юга России. 2019. № 60(6). С. 1–10. URL: http://journalkubansad.ru/pdf/19/06/01.pdf. DOI: 10.30679/2219-5335-2019-6-60-1-10 (дата обращения: 22.11.2019).
pdf
562 Кб
10 с.
Генетические ресурсы, сортоизучение, селекция
Дата публикации: 18.11.2019
УДК: 575.22
DOI: 10.30679/2219-5335-2019-6-60-11-20
Ключевые слова: ПОДВОИ ЯБЛОНИ, ISSR, IRAP, ДНК-АНАЛИЗ, ГЕНОТИПИРОВАНИЕ

Реферат

Богатство генетического инструментария даёт возможность осуществлять анализ филогении и генетического полиморфизма у исследуемых таксонов. К важным генетическим компонентам, встречающимся в большинстве геномов эукариот, можно отнести ретротранспозоны. Исходя из особенностей этих мобильных элементов генома исследование ретротранспозонов актуально для создания генетических маркеров. На данный момент распространение в генетических работах получили ДНК-маркеры, чей полиморфизм обусловлен ретротранспозонными вставками. Целью данной работы является поиск и обнаружение эффективных IRAP и ISSR маркеров для генотипирпования подвоев яблони. Исходя из качества полученного ДНК-фингерпринта, по каждому из задействованных в работе маркеров был осуществлен отбор наиболее информативных маркеров. Праймеры отобранных IRAP и ISSR маркеров будут использованы в дальнейшем для генотипирования подвоев. В результате выполненной работы на генотипах подвоев яблони из 5 IRAP маркеров 4 дали ДНК-фрагменты при постановке ПЦР. При этом 2 маркеров из общей выборки были определены как перспективные для дальнейшей работы. В группу перспективных маркеров вошли IRAP, обладающие наибольшим количеством амплифицированных фрагментов и легко интерпретируемым видом ДНК-фингерпринтов. К данной группе отнесены: Cass 1 и Сass 2. В случае апробации 8 ISSR для дальнейшей работы были отобраны 3 маркера. Дальнейшая работа будет направлена на проведение оценки генетического полиморфизма отобранных маркеров с последующим расширением объема анализируемой выборки образцов.

Ссылка на статью
Степанов И. В., Супрун И. И., Токмаков С. В., Лободина Е. В. ПОИСК ЭФФЕКТИВНЫХ IRAP И ISSR МАРКЕРОВ ДЛЯ ГЕНЕТИЧЕСКОГО АНАЛИЗА ПОДВОЕВ ЯБЛОНИ [Электронный ресурс] // Плодоводство и виноградарство Юга России. 2019. № 60(6). С. 11–20. URL: http://journalkubansad.ru/pdf/19/06/02.pdf. DOI: 10.30679/2219-5335-2019-6-60-11-20 (дата обращения: 22.11.2019).
pdf
580 Кб
10 с.
Генетические ресурсы, сортоизучение, селекция
Дата публикации: 18.11.2019
УДК: 575.22
DOI: 10.30679/2219-5335-2019-6-60-21-30
Ключевые слова: САКУРА, P. SERRULATA, ISSR, ДНК-ТЕХНОЛОГИИ, ГЕНОТИПИРОВАНИЕ, ПЦР

Реферат

К числу наиболее важных мультилокусных маркерных систем относятся ISSR маркеры, основанные на полиморфизме областей генома, расположенных между микросателлитными участками. Их эффективность в генетических работах была продемонстрирована в обширном списке исследований, в которых они были задействованы. Маркеры ISSR просты в использовании, не требуют значительных материальных затрат и методологически менее требовательны по сравнению со многими другими маркерными системами, что делает их надежными генетическими маркерами для начальных этапов исследования организмов, по которым генетическая информация отсутствует. Целью данной работы является поиск и обнаружение эффективных ISSR-маркеров для генотипирпования представителей вида P. serrulata. Показаны результаты апробации ISSR маркеров на генотипах вида P. serrulata. Исходя из качества полученного ДНК-фингерпринта, по каждому из задействованных в работе маркеров был осуществлён отбор наиболее информативных ISSR. Праймеры отобранных ISSR маркеров будут использованы для генотипирования. В результате выполненной работы на генотипах сакуры из 35 ISSR маркеров 26 дали ДНК-фрагменты при постановке ПЦР. При этом 8 маркеров из общей выборки были определены как перспективные для дальнейшей работы. В группу перспективных маркеров вошли ISSR, обладающие наибольшим количеством амплифицированных фрагментов и легко интерпритируемым видом ДНК-фингерпринтов. К данной группе отнесены: UBC 811, UBC 813, UBC 818, UBC 825, UBC 843, UBC 864, 3A59, ASSR02. Дальнейшая работа будет направлена на проведение оценки генетического полиморфизма отобранных маркеров с последующим расширением объёма анализируемой выборки образцов.

Ссылка на статью
Степанов И. В., Дрыгина А. И. ПОИСК ЭФФЕКТИВНЫХ ISSR МАРКЕРОВ ДЛЯ ГЕНОТИПИРОВАНИЯ ВИДА P. SERRULATA * [Электронный ресурс] // Плодоводство и виноградарство Юга России. 2019. № 60(6). С. 21–30. URL: http://journalkubansad.ru/pdf/19/06/03.pdf. DOI: 10.30679/2219-5335-2019-6-60-21-30 (дата обращения: 22.11.2019).
pdf
570 Кб
10 с.
Генетические ресурсы, сортоизучение, селекция
Дата публикации: 18.11.2019
УДК: 634.75:577.2:632.4
DOI: 10.30679/2219-5335-2019-6-60-31-40
Ключевые слова: ЗЕМЛЯНИКА, МОЛЕКУЛЯРНЫЕ МАРКЕРЫ, УСТОЙЧИВОСТЬ, ФИТОФТОРОЗНОЕ УВЯДАНИЕ, АНТРАКНОЗ, ГЕНЫ RPF1, RCA2

Реферат

К числу важнейших заболеваний, наносящих значительный ущерб насаждениям земляники, относятся мучнистая роса, белая и бурая пятнистости, а также распространившиеся в последнее время антракнозная чёрная гниль, фитофторозное и вертицеллёзное увядание. Потери товарного урожая ягод земляники от поражения антракнозом могут достигать 80 %. Большинство сортов земляники в разной степени восприимчивы к антракнозной чёрной гнили. Устойчивость земляники садовой к антракнозу контролируется полигенно и моногенно. Возбудителем фитофторозной корневой гнили (фитофторозное увядание) является Phytophthora fragariae var. fragariae Hickman. Возбудитель фитофтороза поражает корневую систему, вызывая угнетение роста, увядание и впоследствии гибель растений. Одним из перспективных методов идентификации устойчивых к фитофторозному увяданию и антракнозу форм земляники является анализ с использованием сцепленных с целевыми аллелями генов резистентности диагностических ДНК-маркеров. ДНК-маркеры успешно применяют как на этапе подбора исходных источников для гибридизации, так и при последующем анализе гибридного материала. Показаны результаты ДНК анализа сортов и отборных сеянцев земляники по генам устойчивости к фитофторозному увяданию Rpf1 и антракнозу Rca2. Маркер SCAR-R1A, сцепленный с геном Rpf1, у изучаемых сортов и форм земляники не выявлен, что предположительно свидетельствует об их рецессивном гомозиготном генотипе по гену Rpf1 (rpf1rpf1). Маркер STS-Rca2_240, сцепленный с геном Rca2, выявлен у сортов Боровицкая, Aprica и отборной формы 933-4 (F. virginiana Duch. ssp. platypetala × Рубиновый кулон), что позволяет рекомендовать их для селекции в качестве перспективного источника устойчивости к антракнозу.

Ссылка на статью
Лыжин А. С., Лукъянчук И. В., Жбанова Е. В. МОЛЕКУЛЯРНО- ГЕНЕТИЧЕСКИЙ АНАЛИЗ СОРТОВ И ФОРМ ЗЕМЛЯНИКИ ПО ГЕНАМ УСТОЙЧИВОСТИ К ФИТОФТОРОЗНОМУ УВЯДАНИЮ RPF1 И АНТРАКНОЗУ RCA2 [Электронный ресурс] // Плодоводство и виноградарство Юга России. 2019. № 60(6). С. 31–40. URL: http://journalkubansad.ru/pdf/19/06/04.pdf. DOI: 10.30679/2219-5335-2019-6-60-31-40 (дата обращения: 22.11.2019).
pdf
567 Кб
10 с.
Генетические ресурсы, сортоизучение, селекция
Дата публикации: 18.11.2019
УДК: 634.8: 632.4: 575.174.015.3
DOI: 10.30679/2219-5335-2019-6-60-41-50
Ключевые слова: ВИНОГРАД, МИЛДЬЮ, PLASMOPARA VITICOLA, ДНК-МАРКЕРЫ PLASMOPARA

Реферат

Оомицет Plasmopara viticola вызывает одно из наиболее вредоносных заболеваний винограда – милдью. В районах влажного климата Черноморского побережья Северного Кавказа патоген причиняет особый ущерб. В виде эпифитотии UDC Plasmopara viticola развивается 6-7 раз за 10 лет и может вызывать потери от 50 до 100 % урожая текущего года, несмотря на наличие большого числа фунгицидов, способных сдерживать вредоносность этого заболевания. Цель работы – апробация микросателлитных ДНК маркеров GOB, CES, ISA и BER для изучения разнообразия популяций P. viticola, паразитирующих на виноградниках Краснодарского края. Материалом для исследования служили виноградные листья различных сортов, поражённые милдью. Листья отобраны в мае-июле 2019 г. в различных точках Краснодарского края. ДНК P. viticola выделяли из поражённой ткани виноградных листьев набором «ЦитоСорб», разработанным компанией «Синтол» специально для диагностики фитопатогенов. Всего экстрагировано 8 образцов ДНК P. viticola. Исследование выполнено методом полимеразной цепной реакции с оптимизацией количества и длительности циклов, а также концентрации реагентов. Размер амплифицированных фрагментов локусов GOB, CES, ISA и BER оценивали с помощью автоматического генетического анализатора ABI Prism 3130 методом фрагментного анализа. Обработку данных осуществляли в программе Gene Mapper 4.1. Наибольший полиморфизм выявлен по маркеру GOB (15 типов аллелей в восьми исследуемых образцах). Маркеры GOB, CES, ISA и BER могут быть использованы для изучения популяций P. viticola, распространённых на виноградниках Краснодарского края.

Ссылка на статью
Макаркина М. В., Ильницкая Е. Т., Токмаков С. В., Лободина Е. В. АПРОБАЦИЯ ДНК-МАРКЕРОВ ДЛЯ ИЗУЧЕНИЯ РАЗНООБРАЗИЯ ПАТОГЕНА PLASMOPARA VITICOLA [Электронный ресурс] // Плодоводство и виноградарство Юга России. 2019. № 60(6). С. 41–50. URL: http://journalkubansad.ru/pdf/19/06/05.pdf. DOI: 10.30679/2219-5335-2019-6-60-41-50 (дата обращения: 22.11.2019).